清朝时期四川之所以要单独设置一个总督究其原因，有两点：
其一面积太大
传统观念我们都人为清朝时期的版图是一张“秋海棠”，但是其实清朝时期，东亚大陆西部和北部有很多小国家，大多属于附庸国，而其中准噶尔汗国其实又是一个独立主权国家，它根本不受满清王朝任何支配。而清朝是经过一百多年的征战，才有了大家观念中“秋海棠”的版图。
当世界已定，硝烟散尽之时，这块窝在山地里的盆地尚未被纳入统一的版图，是要统治者尽最后的努力来收复它，由于通往巴蜀的道路很险要，所以一般都是到最后大局已定的时候来平定这块地方。所以这也造成了四川版图在开国初期就已经奠定了，彼时的四川版图：北接青海、甘肃，西接西藏，南接云南，东接重庆，陕西湖北。
满清彻底坐稳中原文明后，四川才逐渐单独化为行省，最主要的原因是是它的面积大，以中原极大腹地的行省为例，四川67万平方公里、山东16万平方公里、甘肃50万平方公里、云南45万平方公里、福建18万平方公里，除去边疆地区的青海、黑龙江等地，四川省的面积已经是位列中原地区前三名。
其二特殊的地理环境是割据混乱的发源地
清世祖顺治元年（1644）是华夏大地上一个多事之秋，明末农民起义领袖李自成建国大顺，大军会师北京城。当时的四川还在张献忠手里。经过开国艰难，顺治后期才正式把四川纳入大清版图。
彼时四川一句话来形容就是多战乱，千里凋敝，十室九空。因为经历张献忠屠杀，现在都还有八大王屠四川的传说。
明末清初人欧阳直公的《蜀警录》“世界未乱蜀先乱，世界已治蜀后治”，其中就是对明末流寇张献忠这个杀人魔王的总结。
四川偏处西南一隅，其战略位置却得天独厚，历来为兵家必争之地。巴蜀之地易守难攻，粮草充沛，因此每当统一王朝瓦解之时，这里的军阀和世家就闻风而动，纷纷竖立旗帜，公布独立自治，构成了一个无政府的状态。
所以，清朝政府看到这一点，入主中原后不久，就对四川进行单独设置总督，总领四川一切事务，以此来强化中央集权。
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