最早的军旗实际上是部落居民图腾崇拜在军事应用上的反映。古希腊人挂猫头鹰和斯芬克司图像。罗马人初挂狼、猪图形，布匿战争起改挂鹰形旗。古斯拉夫人称军旗叫旌，旌杆上端挂一束草或马鬃。
中世纪初，旗帜杂乱，一些欧洲骑士各挑自己的旗。后来渐渐发展成只有掌握军权的人才立旗。到11世纪，欧洲和西亚的军旗出现某些徽章图案和某些徽章颜色。十字军远征时，军旗流行带十字图案和其他基督教圣物图案。进入15世纪，军旗为部队视为圣物。许多国家对军旗礼仪作了各自规定。拿破伦一世力倡在军队恢复带古罗马鹰徽的法兰西旗，旗幅上要标明团队代号、记录团队参加的战役。
16世纪，欧洲军旗始有步兵和马队军旗之分，这是最早的兵种旗。其时，军旗等级鲜明。比如在罗斯有大沙皇旗，禁卫团的小沙皇旗、督军旗和小百人队旗。18世纪初，俄国沙皇彼得一世对军旗作了多种规定，包括旗的样式、图案和所用颜色、陆海军实行在军旗下宣誓的制度、战斗失掉军旗的部队要解散，夺得敌旗者受褒奖等。
现代军旗有多种，苏联是世界上军旗种类最多的国家，将近30种。
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