明太祖朱元璋建国以后，加强中央集权，朱元璋以后的历代君主，多主张在少数民族地区恢复唐代以前的中央直接管理的制度，将少数民族土司管理的方式改为政府官员管理方式。这就是历史上著名的“改土归流”政策。
而这一政策就与与很多在西北、西南少数民族地区以羁縻州或者土司方式割据了上百年甚至几百年的少数民族首领希望继续维持割据局面的想法背道而驰，于是，地方少数民族对明王朝的反抗几乎从明朝建立一直持续到明朝灭亡。
经明朝二十七十六年的统治，改土归流不但没有在全国境内完全实现，其引发的叛乱和战争反而最终成为压垮明朝的最后一根稻草。
以下，我们简单介绍一下明朝与地方土司之间的几次规模较大，影响较深的冲突。
明成祖时期，贵州的思州土司田氏家族与朝廷对抗：
思州田氏自隋开皇二年田宗显为黔中刺史起统治思南地区时间长达800余年。永乐皇帝推行的改土归流政策引起了田氏家族极大的不满，在田宗鼎、田琛等人的带领下，田氏家族煽动周边少数民族与明朝对抗，最后被明军打败，田氏被灭。
两广瑶族战争：
两广地区是明朝较早也较为彻底的实现改土归流的地区，但当地土司家族不满自己的利益受损，于是在景泰、天顺、成化时期，煽动当地的瑶民对抗朝廷，史称大藤峡起义，这次起义侵扰了明朝数十年，朝廷花费了许多人力物力才予以平定。后来，由于明朝当地官吏管理不善以及土司土官煽动等原因，在明朝正德。嘉靖时期，广西瑶人再度反叛。
万历播州之役：
播州杨氏，自唐朝末年杨端起，割据播州，到明代万历朝已历经二十九代，八百余年。
万历时期的播州宣威使杨应龙嚣张跋扈，不听朝廷号令，于万历十七年和万历二十四年两次起兵作乱。后被明朝平定，明朝废播州宣威司，这场战争耗费了明朝大量的兵力、财力。作为“万历三大征”的最后一役，接近掏空了明朝当时的家底。
奢安之乱：
明天启年间，四川永宁宣抚司奢崇明及贵州水西宣慰司安位叔父安邦彦的叛乱。这场战争从天启元年打到崇祯十年，前后持续17年，波及川黔云桂四省，死伤百余万。这期间，明朝有至少九年的时间里，几乎同时保持着三线作战（西北农民军、东北的女真、西南的土司）。
三线作战的结果就是，明朝在不断的分兵，拆东墙补西墙，最后疲于奔命，全线被动，而连续多年的战争让明朝国库空可见底，明朝不得不在全国范围内征收“三饷”以维持战争开销，最后导致了严重的财政危机，以及更大规模的农民起义。
最终，明朝在内部农民军和外部清朝军队的双重打击下，走向了崩溃。
明朝在西南少数民族地区沿袭元朝设立宣慰司、土知府等各级政府机关，人用当地少数民族首领担任土司长官，这就是土司制度。
永乐年间，西南地区两个宣慰司叛乱，明朝平定后，取消土司衙门，社贵州布政使司。像这种取消土司衙门，改由朝廷派流官直接统治的变革称为“改土归流”。
明朝改土归流很有限，西南大部分地区仍是土司。
清康熙年间，平定“三藩之乱”（平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠）为大规模推行“改土归流”创造了条件。
1726年，雍正帝在云南、贵州、广西、四川等地，实行大规模改土归流。
雍正时期,由于强化了中央集权,经济实力大为提高,大规模进行了改土归流.政治方面:对削弱西南地区的割据势力,加强中央集权起了进步作用。从改土归流的范围、数量、对象以及过程来看,雍正四年开始的大规模改土归流。涉及湖广、广西、四川、云南、贵州5省的范围,数量多达60多个改土的对象。
正如雍正六年鄂尔泰上奏所说:土司改流,原属正务,但有可改者,有不可改者,有可改可不改者,,有可不改而不得已竟改者,审时度势,顺情得情,庶先无城心,而有济公事。若不论有过犯,一概勒令改流,无论不足以服人,兼恐无以善后，如果相安,在土原无异于在流;如不相安,在流亦无异于在土也。
这表明：改土归流是有选择的。如在明朝和清初出现的湖广永顺、保靖土司彭氏、贵州水西土司安氏、四川乌蒙土司禄氏、广西泗城土司岑氏、云南丽江土司木氏等，辖地数百里,拥兵数万、数十万,骄横恣纵,割据一方。
对于这些大土司,雍正无不改之。但也有不改者,象若能循分守法,绥抚其民,即与州县之循吏相同,何必改土归流,使失其世业。这两段史料都反映了自雍正年间对西南地区的一些骄悍土司改流之后,土司地区不稳定因素基本消失,清朝政府加强了对西南少数民族的统治。
改土归流加强了清朝中央政府对西南少数民族的地区的统治，改变了当地落后闭塞和割据纷争的局面，促进了各民族之间的经济文化的交流，有利于统一多民族国家的巩固和发展。
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