褐藻：
褐藻又叫矽藻，以硅藻居多，一般出现在玻璃，石头或叶片上，是一种褐色薄层状藻类。主要出现在开缸早期，由于水质尚未稳定、氮素和碳素含量过高、光照不足等原因造成，一般开缸时间较长，水质稳定后就会消退。
治理方法：生物可放入大量的黑壳虾等除藻生物、同时配合有规律的换水、密植水草等方法进行治理。
石头上的褐藻
绿水：
正常的鱼缸水体应该是清澈透明的，但如果忽然出现了雾蒙蒙浑浊的状态，并逐渐的变成了绿色，这就是出现了绿水。绿水最主要的产生原因是过滤不足再加上水体过肥和强光照，就容易产生。
处理方法：减少光照，加强过滤，加强换水。另外可使用带UV灯的过滤桶进行治理。
黑毛藻：
黑毛藻经常出现在沉木、过滤器出入水口、底砂、水草叶片等地方，特别是水流比较快的区域出现的会比较多。黑毛藻产生的原因：水体的PH和硬度过高、加入草缸的液肥组成不合理元素失衡，肥料积累太多，鱼缸过滤能力不足等都会诱发。
治理方法：除了正常的加大换水、减少光照和肥料，可以放入小猴飞弧等工具鱼进行控制，化学方法可以用注射器在黑毛生长的地方点射戊二醛，但是一定要控制用量，避免伤害水草和鱼类。
黑毛藻
丝藻：
丝藻因为形状如同细丝一般，丝藻一般出现在MOSS、底砂、生长慢等水草上以及沉木上，主要的产生原因有照明过强、照明时间过长、水草过少、肥料过量、鱼过多和喂食过量等原因。
治理方法：在草缸中放入一些可以吃丝藻的工具鱼虾螺，其中代表就是大和藻虾。人工处理可使用废弃的牙刷将丝藻慢慢卷起移除。
丝藻
刚毛藻
经常出现在MOSS丛中以及牛毛根部的某一个点，成为一团的状态频繁换水，减少光照时间和强度，加大二氧化碳供给，如果滤筒很长时间没有清洗了就洗洗，局部藻密集的重点喷洒52醛。一段时间后说没就没了。
治理方法：少的地方，用牙刷卷出，这种藻草虾是无能为力的，多的地方，把草一同清除。
绿斑藻：
绿斑藻是直径小于0.5mm的绿色斑点状藻类，偏爱较强的照明，通常附着于光线较强的水族缸玻璃面或者成长缓慢的水草上面。例如缸壁、阔叶阴性水草叶片表面如大榕、小榕等。产生的原因：当水族缸的CO２或者磷酸（PO4）浓度偏低，再加上光照强度较高就容易出现。
治理方法：绿斑藻质地很坚硬，常见的食藻鱼对于清除绿斑藻的功效有限。可尝试使用青苔鼠、螺等生物治理。对付绿斑藻最有效的工具螺是斑马螺。同时使用卡片定期擦洗缸壁，将长绿斑的老叶片剪掉，另外有资料称加入适量的磷酸二氢钾也可控制绿斑藻。
绿斑藻
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