1.两者的主体和客体不同
股权收购的主体是收购公司和目标公司的股东，客体是目标公司的股权。而资产收购的主体是收购公司和目标公司，客体是目标公司的资产。
2.两者的负债风险不同
股权收购方式下，收购公司成为目标公司股东，收购公司仅在出资范围内承担责任，目标公司的原有债务仍然由目标公司承担。由于目标公司的原有债务对今后股东的收益有着巨大的影响，因此在股权收购之前，收购公司必须调查清楚目标公司的债务状况，一般并购公司聘请专业的中介机构如设计师和律师对目标公司进行尽职调查，并在股权转让协议中对目标公司潜在债务风险予以规避。
而在资产收购中，资产收购后，目标公司的原有债务仍由其承担，基本不存在或有负债的问题。但收购资产有可能被设定他物权等权利限制，因此，资产收购对收购公司而言，存在一定的他物权等实现风险。
3.两者在税收方面存在差异。
在股权收购中，纳税义务人是收购公司和目标公司股东，而与目标公司无关。除了印花税外，目标公司股东可能因股权转让而缴纳企业或个人所得税。
资产收购中，纳税义务人是收购公司和目标公司本身。根据目标资产的不同，纳税义务人需要缴纳不同的税种，主要有增值税、营业税、所得税、契税和印花税等。
4.收购客体及变更手续不同。
股权收购的客体是目标公司的股权，而资产收购的客体是目标公司的资产。股权收购因股东变动须办理工商变更手续，资产收购不需要办理工商变更手续，但收购资产中有不动产的，须到房地产等部门办理不动产过户手续。
5.受第三方影响不同。
股权收购中，影响最大的是目标公司的其他股东。股权收购须有目标公司过半数的股东同意并且其他股东有优先受让权。对外商投资企业，须取得其他合营方的同意。因此股权收购可能会受制于目标公司其他股东。
资产收购中，影响最大的是对该资产享有某种权利的人，如担保人、抵押权人、商标权人、专利权人、租赁权人。对于这些财产的转让，必须得到相关权利人的同意，或者必须履行对相关权利人的义务。
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